തന്റെ നരഹത്യാപാപം തീർക്കാന്‍ പരശുരാമന്‍ എത്തിയത് മലപ്പുറം ജില്ലയിൽ ഉള്ള ഈ ക്ഷേത്രത്തിൽ
പരശുരാമൻ ഇരുപത്തിയൊന്നുവട്ടം ക്ഷത്രിയ നിഗ്രഹം നടത്തി തന്റെ നരഹത്യാപാപം തീർക്കാനും മരിച്ച ആത്മാക്കൾക്ക് മോക്ഷം നൽകാനുമായി നിളാതീരത്ത് ബലിതർപ്പണം നടത്തി നാവാമുകുന്ദനെ ദർശിച്ചുവെന്നു ഐതിഹ്യം. രാമൻ കർക്കിടക അമാവാസി നാളിൽ പുണ്യനിളയിൽ വ്രതശുദ്ധിയോടെ തർപ്പണം നടത്തുകയും, ഗതികിട്ടാതെ അലഞ്ഞ ആത്മാക്കൾക്ക് മോക്ഷ- സായൂജ്യമേകുകയും ചെയ്തുവത്രെ. അന്നുമുതലാണ് ഇവിടം ബലിതർപ്പണ കർമ്മങ്ങൾക്ക് ഏറെ ഖ്യാതി നേടിയത് എന്നു വിശ്വസിക്കുന്നു.
മലപ്പുറം ജില്ലയിൽ ഭാരതപ്പുഴയുടെ തീരത്തുള്ള പുരാതന ക്ഷേത്രമാണ് തിരുനാവായ നാവാമുകുന്ദ ക്ഷേത്രം. നവയോഗികൾ എന്നറിയപ്പെടുന്ന സഹോദരന്മാരായ ഒമ്പത് സന്ന്യാസിവര്യന്മാരാണ് ഇവിടെ പ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയതെന്നു വിശ്വാസം. ഇവരിൽ ആദ്യത്തെ എട്ട് വിഗ്രഹങ്ങൾ അന്തർദ്ധാനം ചെയ്തുവെന്നും അവസാനത്തെ യോഗി പ്രതിഷ്ഠിച്ച വിഗ്രഹമാണ് ഇന്ന് ക്ഷേത്രത്തിലുള്ളതെന്നും വിശ്വസിച്ചുവരുന്നു. എട്ടു തവണയും ഇവിടെ പ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയെങ്കിലും വിഗ്രഹം ഉറയ്ക്കാത്തതില്‍ പരിഭ്രമിച്ച യോഗി പാൽപായസം തരാമെന്ന വ്യവസ്ഥ വച്ചത് മൂലമാണ് ഒന്‍പതാം തവണ പ്രതിഷ്ഠ ഉറച്ചതെന്നും ഐതിഹ്യം പറയുന്നു.
നാവാമുകുന്ദക്ഷേത്രത്തിനടിയിൽ നിരവധി വിഗ്രഹങ്ങളുണ്ടെന്ന് വിശ്വാസമുള്ളതിനാൽ ഇവിടെ അധികം പ്രദക്ഷിണം വച്ചിരുന്നില്ല. ആദ്യം പ്രതിഷ്ഠിച്ച എട്ടു വിഗ്രഹങ്ങൾ എവിടെയൊക്കെയാണെന്നറിയാത്തതിനാൽ ആഴ്‌വാഞ്ചേരി തമ്പ്രാക്കളും തിരുനാവായ വാദ്ധ്യാനും മുട്ടുകുത്തിയാണ് പ്രദക്ഷിണം വച്ചിരുന്നതും തൊഴുതിരുന്നതെന്നും പറയുന്നു. ഭാരതത്തിലെ 108 ദിവ്യദേശങ്ങളിൽ (തിരുപതികളിൽ) കേരളത്തിലുള്ള 13 ക്ഷേത്രങ്ങളിൽ ഒന്നാണീ ക്ഷേത്രം. വൈഷ്ണവ വിശ്വാസപ്രകാരം ഇവിടുത്തെ പ്രധാന മഹാവിഷ്ണു പ്രതിഷ്ഠ ശ്രീ നാവായ് മുകുന്ദ പെരുമാളായി നിന്ന തിരുക്കോലത്തിൽ കുടികൊള്ളുന്നു.
ധാരാളം യാഗങ്ങൾ നടത്തി പ്രസിദ്ധിയാർജ്ജിച്ച നവയോഗികളുടെ സാന്നിധ്യം സ്ഥലനാമത്തിനു കാരണമായി . “തിരുനവയോഗി” എന്നു പറയപ്പെട്ടിരുന്നത് പിന്നീട് ലോപിച്ച് “തിരുനാവായ” എന്നുമായിമാറിയെന്ന് ഒരു ഐതിഹ്യം.